Bouraq Indonesian Airlines wurde im April 1970 von privaten Investoren gegründet. Von der Hauptstadt Jakarta nahm sie den Flugverkehr mit Douglas DC-3 auf, die schon kurze Zeit später durch NAMC YS-11 und Hawker Siddeley HS-748 ergänzt wurden.
Die Airline setzte frühzeitig auf internationale Strecken, wie Malaysia, Singapur, Thailand, Brunei und den Philippinen die mit Boeing B-707 bedient wurden, ließ aber das Inland mit ihren zumeist spärlichen Flugplatzanlagen nicht aus den Augen. Hierfür setzte sie neben den oben genannten Flugzeugtypen noch Fokker F-27, Dornier DO-228 und Indonesian Aerospace 212-100 ein.
Erwähnenswert ist auch, dass Bouraq als eine der letzten Fluggesellschaften die legendäre Vickers Viscount im Liniendienst betrieb.
Vom Erfolg beflügelt gründete man 1973 eine Tochtergesellschaft namens Nusantara Air Service, der späteren Bali Air, die einige kürzere Teilstrecken von Bouraq mit deren Flugzeugen übernahm.
Ab 1993 gelangten die ersten Boeing B-737-200 zur Gesellschaft, die die alten Flugzeuge verdrängten und letztendlich neben der HS-748 das einzige Muster in der Flotte darstellte.
Wirtschaftliche Unruhen im Land und die daraus resultierenden finanziellen Probleme zwangen Bouraq im Frühjahr 2005 zur Liquidierung der Tochtergesellschaft, sowie zum Verkauf einiger Flugzeuge.
Bis zur gänzlichen Einstellung des Flugbetriebes im März 2005 bestand die Flotte nur noch aus zwölf B-737-200 und einer McDonnell Douglas MD-82.