Die Wurzeln der Ecuatoriana de Aviación reichen bis in das Jahr 1957 zurück. Dort wurde die Gesellschaft unter den Namen Compañia Ecuatoriana de Aviación kurz CEA von amerikanischen und ecuadorianischen Investoren gegründet.
Die Flotte bestand damals aus Curtiss C-46, Lockheed Electra, Douglas DC-4 und DC-6 mit denen man vorerst nur im Inland tätig war.
Anfang der siebziger Jahre wurde die Gesellschaft aufgelöst und 1974 mit Hilfe des Staates als Empresa Estatal Ecuatoriana de Aviación neu gegründet.
Zum Einsatz gelangten nach wie vor die alten Flugzeuge der Vorläufergesellschaft, aber auch die ersten Boeing B-707 und B-720 die in ungewöhnlicher Bemalung auf den Airports auffielen.
Der Heimatflughafen war der Mariscal Sucre International Airport von wo man im Laufe der Zeit bis zu 27 Ziele anbot. Die einträglichsten hiervon waren ohne Zweifel Miami, New York, Los Angeles, San Francisco, Toronto, Montreal, Buenos Aires, Mexiko City, Panama City, Lima und Madrid.
1990 gelangte der erste Großraumjet in Form einer gebrauchten DC-10 zur Flotte, gefolgt von mehreren Airbus A-310.
Ein Jahr später sollte die Gesellschaft verkauft werden, da der Staat die laufenden Kosten nicht mehr tragen konnte und wollte.
Da diese Privatisierung schleppend voran ging stellte man kurzerhand den Flugbetrieb ein und verkaufte einige Strecken und die alten Flugzeuge.
1995 kaufte die brasilianische VASP den größten Anteil der Gesellschaft und vereinheitlichte die Bemalung an den Flugzeugen, die jetzt der VASP sehr ähnelte. Weiterhin brachte sie einige Boeing B-727 in die Flotte ein.
Als VASP selbst durch die Folge der Anschläge des 11.September unter wirtschaftlichen Problemen litt, ging es auch mit Ecuatoriana bergab.
Am 26.1.2005 ging VASP in den Bankrott und die Konkursverwaltung sah den Verkauf der Routen und der Flotte der Ecuatoriana an das Konsortium der chilenischen LAN vor.