Aus der im April 1978 gegründeten „Special Air Transport“, kurz SAT Flug, welche 1986 eine umfangreiche Reorganisation durchlief, ging am 1.6.1986 die Germania Fluggesellschaft mbH hervor.
Der Geschäftsführer zu dieser Zeit war Dr. Hinrich Bischoff. Von nun an war SAT als Holdinggesellschaft tätig und spezialisierte sich später auch als Leasingunternehmen.
1987 kamen die ersten Boeing B-737-300 zur Flotte und die drei Caravelle sowie die zwei Boeing B-727-100 verließen die Gesellschaft.
Von den genannten B-737 besaß Germania im Laufe ihrer Geschichte insgesamt 35 Maschinen verschiedenster Serien.
Im Sommer 1990 wurde Berlin European UK mit ihren B-737 übernommen.
Mit der Einführung der Boeing B-737-700 war man sogar der erste Besitzer dieses Flugzeugtyps weltweit.
Ab Anfang der neunziger Jahre zog man mit der Technik nach Berlin-Tegel um und bekam auch den Zuschlag zur Durchführung des sogenannten Beamten Shuttles zwischen Berlin und Köln-Bonn.
Weiterhin unterschrieb man Verträge mit den Reiseveranstaltern TUI, Olimar Reisen, DER Touristik Group GmbH, sowie Neckermann Reisen und arbeitete eng mit Condor zusammen.
Diese Kooperationen zeigte man auch mit entsprechenden Bemalungen an den Flugzeugen.
Im Juni 2003 gründete man eine eigene Billigfluggellschaft namens Germania Express, kurz GEXX, welche wiederum am 18.2.2005 an die Deutsche BA verkauft wurde.
Ab 2010 wurde über eine umfangreiche Flottenmodernisierung nachgedacht, welche in den Einführungen des Airbus A-319 im Jahr 2011 gefolgt vom A-321 drei Jahre später gipfelten.
Ab 2011 bekam Germania den Zuschlag für den Shuttleservice zwischen den Airbuswerken Hamburg-Finkenwerder und Toulouse-Blagnac.
Die von Hans Rudolf Wöhrl gegründete FlyNext wurde am 23.09.2011 übernommen und unter den Namen Germania Express weitergeführt. Dieser Gesellschaftszweig hatte aber mit der oben genannten Germania Express nichts gemeinsam.
Des Weiteren zog man mit der Basis am 10.07.2013 von Berlin Tegel nach Berlin Schönefeld um, wo auch in Zusammenarbeit mit Air Berlin ein Wartungshangar eröffnet wurde.
Ab 2012 begann auch eine weitreichende Umstrukturierung in den Führungsebenen und Karsten Balke übernahm die Gesellschaft, was sich im Nachhinein als ein Fehler herausstellen sollte.
Zu diesem Zeitpunkt wurde die Tochtergesellschaft Gambia Bird gegründet, welche mit zwei A-319 aus Germania Beständen ausgerüstet wurde.
Der Flugbetrieb wurde jedoch im Dezember 2014 wieder eingestellt.
Zwei Jahre später tätigte man eine Bestellung über 25 Airbus A-320 Neo, welche jedoch nicht mehr zur Auslieferung gelangten.
Mit dem Konkurs der Air Berlin baute Germania sein Streckennetz beträchtlich aus, jedoch gab es zu diesem Zeitpunkt schon erhebliche Liquiditätsprobleme, welche im Januar 2019 öffentlich wurden.
Am 4.2.2019 wurde es traurige Gewissheit als die Gesellschaft den Konkursantrag stellte und der Flugbetrieb zum Erliegen kam.
Der letzte Flug fand am 5.Februar von Fuerteventura nach Nürnberg statt.
Die Flugzeuge standen von nun an für mehrere Wochen auf den verschiedensten Airports in Deutschland und führten keine Flüge mehr für die Gesellschaft durch.
Der neue Geschäftsführer Karsten Balke ließ mitteilen: „Leider ist es uns schlussendlich nicht gelungen, unsere Finanzierungsbemühungen zur Deckung eines kurzzeitigen Liquiditätsbedarfs erfolgreich zum Abschluss zu bringen. Wir bedauern sehr, dass uns als Konsequenz daraus keine andere Möglichkeit als die der Insolvenzantragstellung blieb.“