Proteus Airlines wurde 1986 in Lyon als Proteus Airlines System gegründet.
Sie war anfangs mit Beechcraft-90 regional tätig, weitete jedoch ihre Dienste schnell aus.
Hierfür brauchte sie neue Flugzeuge welche man in der Beech-1900 fand.
Ab 1996 nannte man sich nur noch Proteus Airlines und trat einem Franchiseabkommen mit Air France bei.
Diese brachte Dornier-328 und später Embraer Jets in die Flotte von Proteus ein.
Im Oktober 1999 fusionierte man mit Flandre Air was vom Streckennetz und dem Flugzeugpark äußerst gut passte.
Zu diesem Zeitpunkt fing auch Air France an mehr Anteile von Proteus zu übernehmen, was letztendlich zur Übernahme dieser Airline im Jahr 2000 führte.
Inzwischen hatte Air France auch Regional übernommen und gliederte Proteus dort ein.
Erstaunlicherweise behielten die Beech-1900 ihre alte Bemalung bis zum Jahr 2003 bei, die EMB-135 und DO-328 hingegen erhielten volle Air France Bemalung mit dem Untertitel „by Proteus Airlines“ der später in „Régional“ abgeändert wurde.