Convair ließ sich von American Airlines drängen ein Nachfolgemuster der CV-880 zu entwickeln, obwohl sich die CV-880 schon als gewaltiger Fehlschlag abzeichnete. Die CV-990 war um 3m länger und um 20 Tonnen schwerer als ihre Vorgängerin. Sie hatte ein moderneres Triebwerk und auch die Tragflächen wurden grundlegend überarbeitet, dabei fielen die Anti Shock Bodies "Speed Fairings", die sogenannten "Küchemann-Karotten" besonders ins Auge, die bei den schnellen Geschwindigkeiten einen Strömungsabriss verhindern sollten. Des Weiteren konnten diese zusätzlichen Treibstoff aufnehmen.
Am 24.1.1961 hob das Modell 30, später CV-990 das erste Mal vom Boden ab. Es sei erwähnt, dass Convair auf Prototypen verzichtete, was sich als enormen Nachteil herausstellen sollte, denn alle Nachbesserungen am Flugzeug mussten in der laufenden Produktion, oder durch Rückrufe von schon ausgelieferten Maschinen erfolgen.
Schnell wurde das Flugzeug durch die Testphasen gebracht, was ungeahnte Folgen hatte. Starke Flatterprobleme an den Triebwerken zwangen Convair zur Überarbeitung der Tragflächen und dem Versetzen der Triebwerke. Dadurch konnte die versprochene Geschwindigkeit von 998 km/h nicht mehr gehalten werden. Um das Zurückziehen der Aufträge seitens der Airlines zu verhindern, machte Convair wiederum Zugeständnisse am Preis. Letztendlich lag der Verkaufspreis einer CV-990 bei nur 4,7 Mio. Dollar, also weit unter den Herstellungskosten einer CV-880!
Unter diesen Voraussetzungen erfolgte am 8.1.1962 die Auslieferung der ersten von insgesamt 25 Exemplaren an American Airlines. Während dieser Phase musste Convair ihre Maschine grundlegend in der Triebwerksaufhängungen, den Vorflügeln, Schubdüsengehäusen und den Flächenwurzeln überarbeiten, um die angepriesene Geschwindigkeit zu gewährleisten.
Dadurch stiegen die Stückkosten enorm und brachte Convair an den Rand eines Konkurses.
Nach nur 37 gefertigten CV-990 endete die Serienproduktion. Convair blickte auf einen riesigen Schuldenberg und zog sich aus dem Passagiergeschäft zurück. Schließlich wurde die Firma von General Dynamics übernommen.